Список рекомендуемой литературы к главам 10.1-10.3
1. Mackay I.M. Real-Time PCR in Microbiology: From Diagnosis to Characterization. – London, 2009, 284 р.
2. Quintana F.J. et al. Antigen microarrays identify CNS-produced autoantibodies in RRMS // Neurology, 2012, vol.78, P. 532–539.
3. Sano S.M. et al. Sensitivity of direct immunofluorescence in oral diseases. Study of 125 cases // Med. Oral Patol. Oral Cir. Bucal., 2008, vol.13, P. 287–291.
4. Tichopad A. et al. Quality control for quantitative PCR based on amplification compatibility test // Methods, 2010, vol. 50, P. 308–312.
5. Tuomi J.M. et al. JM. Bias in the Cq value observed with hydrolysis probe based quantitative PCR can be corrected with the estimated PCR efficiency value // Methods, 2010, vol. 50, P. 313–322.
6. Wan J. et al. Immunosorbent Assay (ELISA) // J Clin Endocrinol Metab, 2012, Nov 16.
7. Абелев Г.И. Основы иммунитета // Соросовский Образовательный журнал, 1996, № 5.
8. Войтенко Е.И. Применение фермента ДНК-полимеразы в ПЦР диагностике / Достижения, инновационные направления, перспективы развития и проблемы современной медицинской науки, генетики и биотехнологий: материалы I заочн. Междунар. научно-практ. конференции 31 марта 2011 г. – Екатеринбург, 2011, С. 67–68.
9. Егоров А. М. и др. Теория и практика иммуноферментного анализа. – М: Высшая школа, 1991.
10. Иммуноферментный анализ / ред. Нго Т.Т., Ленхофф Г. – М.: Мир, 1988.
11. Кашкин К.П., Кубась В.Г. Система комплемента и ее активность // Иммунология, 1981, № 1, С. 27–35.
12. Кишкун А.А. Руководство по лабораторным методам диагностики. – М.: ГОЭТАР-Медицина, 2007, 798 с.
13. Коротяев А.И. Медицинская микробиология, вирусология и иммунология, 1998.
14. Красильников А.П., Романовская Т.Р., «Микробиологический словарь-справочник», Минск, 1999.
15. Лимфоциты. Методы / С. Хант; ред.: Дж. Клаус, А.Н. Мац. – М.: Мир, 1990. – 393 с.
|
|
|
16. Никитин В.М. Справочник методов иммунологии. – Кишинев: Штиица, 1982.
17. Новиков Д.К., Новикова В.Н. Клеточные методы иммунодиагностики. – Минск: Беларусь, 1979.
18. Патрушев Л.И. Искусственные генетические системы. – М.: Наука, 2005, Т.1, 398 с.
19. Черноусова Л.Н. и др. ПЦР-анализ в комплексных бактериологических анализах во фтизиатрии // Проблемы туберкулеза, 2001, том 3, С. 58–60.
20. Анализ образцов пищевых продуктов на присутствие генетически модифицированных организмов/ Сессия 6/ Полимеразная цепная реакция (ПЦР), М.Сомма, М.Кверчи, ВОЗ, Европейское региональное бюро. http://gmo-rl.jrc.ec.-europa.eu/capacitybuilding/.
21. ГОСТ Р ИСО 16140–2008 «Микробиология продуктов питания и кормов для животных». Протокол валидации альтернативных методов (ISO 16140:2003). – М.: Стандартинформ, 2009.
22. ДНК-полимераза / http://enc.scilib.com/article0001408.html.
23. 3M Molecular Detection System – Система молекулярного обнаружения патогенов / www.mibio.ru.
24. Постановление государственного санитарного врача РФ от 19.03.2010 № 21 «О профилактике острых кишечных инфекций» /base.garant.ru/12175294/.
25. Хрянин А.А., Решетников О.В., Кривенчук А.Н., Алексенцев В.А.Принцип метода амплификации ДНК: преимущества и недостатки // Клиническая лабораторная диагностика. 2005. № 4. С. 20, 37–39.
|
|
|
26. MOLECULAR DIAGNOSTICS. Edited by George P. Patrinos & Wilhelm Ansorge. www.sciencedirect.com/science/book/978012 3745378.
27. Norihiro Tomita, Yasuyoshi Mori, Hidetoshi Kanda & Tsugunori Notomi / Loop-mediated isothermal amplification (LAMP) of gene sequences and simple visual detection of products // Nature Protocols. 2008. V. 3. P. 877–882.
Современные методы идентификации микроорганизмов
Классические методы определения бактерий, основанные на культивировании микроорганизмов с последующим микробиологическим и биохимическим анализом, являются трудоемкой и длительной процедурой с использованием дорогостоящего оборудования. Биосенсоры – аналитически чувствительная и недорогая альтернатива стандартным методам, применяемым сегодня для идентификации бактерий. Они представляют собой аналитические приборы для селективного определения веществ и организмов, в которых используется комбинация биологической системы узнавания и физического преобразователя. Увеличение числа анализируемых образцов, требующих проверки и контроля, и потребность в высокой чувствительности, скорости и точности аналитических измерений стимулировали значительный интерес к развитию биосенсоров в качестве мощной и недорогой альтернативы по отношению к стандартным химическим и энзимологическим методам, используемым на сегодняшний день. Вместе с тем, несмотря на применение биосенсоров на основе бактериальных клеток, практически нет данных по использованию клеточных фрагментов или субклеточных структур для повышения чувствительности и специфичности измерений субстратов. Отсутствуют также литературные данные и по использованию простых систем «искусственного носа» и систем на основе оптоволоконных пучков для идентификации бактерий. Перспективным направлением является разработка биосенсора для анализа антиоксидантной активности веществ с последующим изучением их влияния на защитные функции макроорганизма.
|
|
|
Для сбора информации и создания баз данных для идентификации микроорганизмов они могут быть подвергнуты анализу на различном уровне. «Верхний» уровень – это геном и его копия в виде РНК. Нуклеиновые кислоты являются информационными макромолекулами, а это означает, что они характеризуются определенной последовательностью, являющейся своего рода «руководством» для клетки и управляющей синтезом клеточных белков. Абсолютную идентификацию могло бы обеспечить определение полной последовательности нуклеотидов клеточного генетического материала, но хотя это и было выполнено для Saccharomyces cerevisiae и большого числа бактерий, проводить такое определение в целях идентификации, конечно, нецелесообразно. С другой стороны, возможность быстрой и эффективной идентификации предоставляет секвенирование (определение первичной структуры) специфических генов.
|
|
|
Для определения степени сходства последовательностей оснований ДНК различных микроорганизмов может быть проведено разделение молекулы ДНК на одиночные цепи с последующей их гибридизацией с одноцепочечными участками ДНК из других микроорганизмов. Это позволяет непосредственно определить степень родства при отсутствии информации о структуре самой последовательности. Гибридизация ДНК создает базу для общепринятого определения видов в систематике бактерий; при проведении этого анализа штаммы одного и того же вида будут гибридизировать более чем на 70 %. Подобную методику можно использовать для сравнения ДНК и РНК. Начиная с 1980-х гг. методы гибридизации внесли важный вклад в таксономию микроорганизмов, положив начало развитию генетического зондирования. ДНК-зонды представляют собой уникальные последовательности нуклеотидов, которые гибридизируются только с данным специфическим геном или генами. При грамотном выборе последовательности ее обнаружение в геноме микроорганизма может использоваться как точный способ идентификации.
Наконец, революцию в использовании нуклеиновых кислот для генетического анализа произвела цепная реакция полимеразы (ЦРП), описанная в главе 8. Она легла в основу многих методов идентификации, фактически обеспечивая специфичность подхода самой своей природой. Генетическая информация экспрессируется в виде белков. Определение аминокислотной последовательности является дорогостоящей и требующей продолжительного времени процедурой, применять которую для проведения ускоренной идентификации не целесообразно. Наоборот, электрофорез, то есть определение способности белковых молекул мигрировать под влиянием электрического поля через гель, – широко распространенный метод для решения проблем таксономии и идентификации. Как способ идентификации может быть использован также электрофорез экстракта всех белков микроорганизма, который может считаться эффективным с точки зрения расхода проб несмотря на то, что он недостаточно быстр. Важным инструментом диагностики являются иммунологические методы, часто ориентированные на белки.
Общий состав клетки может быть проанализирован разными методами, которые применяются к целым клеткам или к отдельным клеточным экстрактам. Например, профиль внутриклеточных и мембранных липидов может быть получен методом газовой хроматографии (ГХ). Целые клетки могут быть подвергнуты пиролизу, а продукты распада определены с помощью масс-спектрометрии (МС) для получения «отпечатков пальцев» микроорганизмов. Наконец, после исследования целого ряда физических методов на предмет их применения для характеристики микроорганизмов особенно ценной оказалась инфракрасная спектроскопия Фурье (FT-IR, Fourier transform-infrared spectroscopy), которая будет рассмотрена ниже.
Большинство обычных методов идентификации основаны на морфологии и физиологии. В имеющихся наборах для микробиологических анализов определяется наличие или отсутствие тех или иных ферментов или использование тех или иных путей метаболизма. Для обеспечения ускоренной идентификации неизвестных культур с использованием этого подхода могут быть созданы специализированные компьютеризированные базы данных.
Ниже мы более детально рассмотрим некоторые новые методы идентификации микроорганизмов, их описания (часто называемого «снятием отпечатков пальцев» или «профилированием»), а также применения этих «отпечатков» в целях идентификации.
Хроматографические методы используют для идентификации бактерий и установления их систематического положения. Объекты для исследования – жирные кислоты клеточной стенки, уникальные интермедиаты и конечные метаболиты жизнедеятельности бактерий. Хроматографические системы обычно сопрягают с компьютерами, что значительно упрощает учет результатов. Наиболее распространена идентификация жирных короткоцепочечных и тейхоевых кислот методом газожидкостной хроматографии. Жидкостной хроматографией под высоким давлением идентифицируют миколевую кислоту в клеточных стенках микобактерий. Тонкослойную хроматографию используют для идентификации изопреноидных хинонов клеточной стенки бактерий. У различных родов их содержание и набор различны, но постоянны, что позволяет установить систематическое положение каждого конкретного вида.
Наборы мультимикротестов – пластиковые планшеты, в лунки которых помещены различные субстраты и индикаторы. В лунки вносят различные разведения бактерий и инкубируют при 37 °С. На практике используют тесты RapID NH для идентификации иерсиний и гемофилов, RapID Е для энтеробактерий и др., позволяющие получить результаты не позднее 4–8 ч.
Дата добавления: 2019-09-13; просмотров: 207; Мы поможем в написании вашей работы! |
Мы поможем в написании ваших работ!