Особенности одномерных экспериментов на других ядрах
1. Имена файлов с параметрами отражают также и ядра (DUALC13.001, C13W, F19W, P31W и т.д.)
2. Для эксперимента ЯМР 13С MOD нужно установить в 1, RG - 1600 или 3200.
3. Для накопления с широкополосной развязкой от области резонанса протонов используется команда AU ZG.AU или ZG (в зависимости от спектрометра); для накопления без развязки - специальные программы, так как протоны предоблучаются для создания NOE.
4. Для уменьшения уровня шума обычно используется умножение FID’а на экспоненту.
Особенности одномерных экспериментов с использованием двойного резонанса
A. Прямой способ
1. Найти сигнал, от которого будет делаться развязка, и поместить курсор на его вершину (в EP).
2. Нажать O2 M, чтобы запомнить частоту декаплера.
3. Скопировать параметры (а именно O2) в блок, где будет идти накопление.
4. Установить мощность декаплера, изменяя параметр DP, например, в значение 20L (максимальная мощность для селективного двойного резонанса от протонов - 2L).
5. HD - включить декаплер.
6. RG должно быть таким, чтобы при Y-увеличении, равном 1К, первая точка первого скана не выходила за пределы двух клеточек на экране.
7. Все остальное - как в обычном протонном эксперименте. (ZG, Ctrl-H, и т.д.). Декаплер отключается командой PO.
B. Разностный двойной резонанс
1. Мощность декаплера (DP) устанавливается в районе 22L (до 25L для узких пиков). Низкая мощность облучения делает облучаемый сигнал широким - при вычитании на его фоне хорошо видно форму исходного сигнала.
|
|
|
2. NS определяет число сканов в каждой серии. Каждая серия - это накопление NS сканов спектра с облучением нужного сигнала, затем NS сканов спектра с облучением пустого места, затем их вычитание и сохранение результата.
3. С помощью AS DIF.AU ввести следующие параметры: D1=5M; PW, RD, DE - как есть; DS=0.
4. Список частот (редактируется командой FL <имя файла, например FQLIST.001>) должен содержать следующее:
1.) Частота пустого места. Пустое место нужно выбирать достаточно близко к облучаемому сигналу, но не ближе 50 Гц от любого сигнала в спектре, лучше с той стороны от облучаемого сигнала, где не ожидается изменений за счет двойного резонанса.
2.) Частота облучаемого сигнала в Гц относительно SF.
5. Команда VС редактирует файл VCLIST.001, который должен содержать единственную строчку с указанием числа серий (обычно от 2 до 4).
6. Накопление стартуется командой AU DIF.AU.
C. Разностный двойной резонанс с подавлением растворителя
1. Установить значения всех параметров, используемых программой DIFSUP.AU с помощью команды AS DIFSUP.AU:
S1=30L (мощность подавления растворителя, в случае недостаточного подавления можно увеличить до 24L),
S2=22-25L (мощность облучения сигнала, см. В-1)
|
|
|
NE= число серий (обычно от 2 до 4),
NS=16 или 32 (число сканов в серии),
D1=1.0 (время подавления растворителя),
D2=0.01 (время облучения сигнала).
2. Требуется два списка частот (редактируются командой FL):
FQLIST.001: 1.) частота сигнала растворителя относительно SF
2.) частота пустого места. Пустое место нужно выбирать достаточно близко к облучаемому сигналу, но не ближе 50 Гц от любого сигнала в спектре, лучше с той стороны от облучаемого сигнала, где не ожидается изменений за счет двойного резонанса.
FQLIST.002: 1.) частота сигнала растворителя относительно SF
2.) частота облучаемого сигнала в Гц относительно SF.
3. Накопление стартуется командой AU DIFSUP.AU.
* Для чтения всех параметров двумерного эксперимента: RJ(2D) xx.PAR; RE xx.SER, для записи - WJ(2D) xx.PAR; WR xx.SER.
Двумерный эксперимент H/H-COSY
A. Постановка
1. Накопить одномерный протонный спектр и сохранить его на диск для использования в качестве проекции (удобнее использовать короткие имена и диск, выделенный для двумерных экспериментов - D2).
2. EP, выбрать область для COSY, Ctrl-O для запоминания SW и O1. Во избежание отражений лучше иметь дело со всем спектром, но, с другой стороны, большое SW негативно сказывается на времени эксперимента. Нужно всегда оставлять запас пустого места по краям от самых крайних сигналов, так как края 2D-поля часто бывают занижены, завышены или зашумлены.
|
|
|
3. Установить DU (текущее дисковое устройство) в значение D2.
4. ST2D (рассчитать параметры матрицы), затем постепенно изменять SI (начиная с 1K) так, чтобы цифровое разрешение (отображается на экране) стало не хуже 3 Hz/pt (чем меньше это значение, тем лучше разрешение).
5. NE=SI/4 (число серий), I2D=1 (отношение размерностей по осям; всегда 1 для симметричных матриц), MC2=M (magnitude spectrum).
WDW1=S, WDW2=S (функция обработки), SSB1=0, SSB2=0, ND0=1. Значения SI1 и SW1 не обязательно должны быть равны SI2 и SW2.
6. AS COSY.AU и ввести значения параметров:
D1=1,
P1=[1H-90°] (значение, соответствующее 90-градусному импульсу),
D0=3U,
P2=[1H-90°] для обычного COSY или =[1H-45°] для COSY-45. Обычный эксперимент COSY обладает большей чувствительностью, поэтому используется, если концентрация мала или не хватает времени. COSY-45 дает лучшее разрешение вблизи диагональной линии. В отличие от обычного COSY, кросс-пики в COSY-45 представляют собой параллелограммы, наклоненные в сторону ( or ), соответствующую знаку КССВ JH-H (2JH-H <0, 3JH-H >0). P2 можно установить в значение порядка [1H-65°], чтобы получить что-то среднее между COSY и COSY-45.
|
|
|
D2=5M,
RD=0, PW=0,
DE - как есть,
NS зависит от имеющегося времени (должно быть кратно 8 для COSY или кратно 16 для COSY-45),
DS=2 (количество пустых сканов в серии),
IN - как есть (должно отличаться от нуля),
7. TIME и подтвердить имя AU-программы, затем указать имя файла, например A.SER - в результате на экран будет выведено время эксперимента (EXPT работает быстрее, но менее точно).
8. AU, затем указать произвольное имя файла, например A.SER, после первого пустого скана вызвать EP и оценить усиление приемника (RG) - при Y-увеличении, равном 1К, первая точка первого скана не должна выходить за рамки двух клеточек на экране, но все же должна заметно отличаться от нулевой линии. Если нужно, уменьшить или увеличить RG и повторить шаг 8.
9. После установки правильного RG, запустить эксперимент командой AU, которая просит указать имя файла (с расширением .SER) для сохранения результата. Подождать пока эксперимент закончится (количество сделанных серий выводится в первой строке экрана, количество сканов в текущей серии - во второй). Если по каким-то причинам пришлось прервать эксперимент до его завершения, необходимо уменьшить TD1 до числа сделанных серий.
B. Обработка
10. ST2D и проверить WDW1, WDW2, SSB1, SSB2.
11. XFB и подождать конца двумерного преобразования Фурье (в первой строке экрана отобразится 'SMX 1').
* Для экономии времени можно предварительно проанализировать лишь ту часть данных, которая уже накоплена:
1.) WJ2D xxx.PAR - записать параметры эксперимента после их корректной установки
2.) AU, указать имя файла (xxx.SER) - начать накопление
3.) В другом блоке: RE xxx.SER, RJ2D xxx.PAR, XFT - преобразует FID, когда будет накоплено его достаточное количество. Можно также копировать данные в другой блок и варьировать там TD1.
12. SYM симметризует 2D-спектр относительно диагонали.
13. EP2D - это универсальный редактор для двумерных спектров
+/- растягивают 2D-спектр в третьем измерении (на нас)
Ручки C и D двигают курсор горизонтально и вертикально
R выводит горизонтальную одномерную проекцию (row),
C выводит вертикальную одномерную проекцию(column),
E запускает EP для текущей одномерной проекции, например для установки хим. сдвига
L позволяет определить координаты углов части двумерного спектра (для получения квадрата нужно нажать L два раза в таких местах, где Row=Column),
X выводит на экран выбранную часть двумерного спектра. При следующем вызове EP2D координаты углов инициализируются.
ESC-X - выход из EP2D.
14. Привязка вертикальной и горизонтальной шкал осуществляется путем запоминания параметра SR для одномерного 1H-спектра с последующей установкой в это значение параметров SR1 и SR2.
15. Непосредственный выбор границ области для вывода может быть осуществлен командой PLIM.
16. Непосредственный выбор уровней среза трехмерной картинки при выводе может быть осуществлен командой ILEV. Эти данные инициализируются каждый раз в момент вывода.
17. CX и CY определяют горизонтальный и вертикальный размеры поля вывода.
DPO позволяет установить опции вывода в диалоге. Так как вместе с проекцией высота 2D-спектра больше его ширины, рекомендуется поворачивать картинку на 90 градусов.
Перед выводом лучше оценить результат, временно установив DSPL в 1 (для вывода на дисплей).
18. Если требуется, поменять Y-размер проекции: в другом блоке RE <имя файла со спектром-проекцией>, PJ <имя файла со спектром-проекцией>, CY = <новое значение высоты>, WR <то же имя файла>.
19. CPLP выводит 2D-спектр с проекцией вдоль одной оси, CP2P - с проекциями вдоль обеих осей. Обе команды инициируют диалог, в котором вводятся имена файлов с проекциями, число уровней среза, необходимость выводить рамку, сетку и т.д.
Дата добавления: 2019-02-12; просмотров: 178; Мы поможем в написании вашей работы! |
Мы поможем в написании ваших работ!