Поиск в UniProt своего белка для человека и других организмов:
На сайтеUniProtKB(http://www.uniprot.org/uniprot/) набирали в поиске свою мишень (ADAM10), далее из списка выбрали нужные организмы, у которых есть этот белок, т.к. из достоверных данных была только мышка, взяли для сравнения дополнительные организмы.
Скачивали FASTA-формат для каждого организма:
Попарные сравнения:
- в Clustal:
Загружали FASTA-формат человека и FASTA-формат анализируемого организма. Программа попарно сравнивала две последовательности, выделяя совпадения цветом и символами.
Также программа рассчитала коэффициент схожести двух последовательностей.
- в BLAST
На сайте BLAST(http://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cg) загружали FASTA-формат человека и FASTA-формат исследуемого животного.
Затем получали таблицу сравнения двух последовательностей:
Обработка результатов
Данные (Score, Expect, Identities, Positives) занесли в таблицу документа MicrosoftExcel и рассчитали рангри для каждого параметра.
Таким образом, из таблицы мы видим, что данный белок (ADAM10) человека наиболее сходен с таким же белком бобра (clustal= 0,011869, общий ранг 4,5) и менее схож с белком лососем (clustal=0,11029, общий ранг 15,3).
Поиск 3D-моделей белка и сравнение 3D модели ADAM 10 человека.
Для человека 1:
Для сравнения 3D моделей белка, скачаем их с сайта UniProt. Для человека нам необходимо выбрать 3Dструктуру, которая проверена x-ray и имеет разрешение наименьшее (в Å), т.е нам подходит , т.е нам подходит 6BE6.
|
|
|
Скачиваем 3D структуру и открываем ее с помощью программы Chem3D Ultra 9.0.
Для бобра:
Также ищем 3D модели ADAM10 для бобра. И делаем все тоже самое, как для человека.
Критерии качества модели: модель считается качественной, если показатель надежный (зеленый), некачественной, если показатель ненадежный (красный). Скачиваем подходящую модель и открываем с помощью программы Chem3D Ultra 9.0
Для лосося:
Также ищем 3D модели ADAM10 для лосося. И делаем все тоже самое, как для человека.
Критерии качества модели: модель считается качественной, если показатель надежный (зеленый), некачественной, если показатель ненадежный (красный). Скачиваем подходящую модель и открываем с помощью программы Chem3D Ultra 9.0
Определение сайтов связывания
Человек:
На модели белка человека можно выделить специфические сайты связывания, которые можно найти на сайте UniProt.
На картинке мы можем видеть 13 специфических центров связывания белка с лигандом:
Asp 229(A)
Arg 276(A)
Asn 278(A)
Asp 285(A)
Thr 287(A)
Asn 288(A)
Pro 289(A)
Phe 290(A)
Glu 306(A)
Gln 307(A)
Val 317(A)
Lys 354(A)
Lys 355(A)
Выбирая нужные нам сайты связывания, выделяем их на ЗDструктуре в программе Chem3D Ultra 9.0. Нужные сайты выделены желтым цветом.
|
|
|
На модели белка бобра и лосося искали те же специфические сайты, оказалось, что этих сайтов нет.
Дата добавления: 2019-09-13; просмотров: 393; Мы поможем в написании вашей работы! |
Мы поможем в написании ваших работ!