Выбор неэмпирического метода расчета

⇐ ПредыдущаяСтр 3 из 3

Нажатием кнопки Setup (Установки) следует выбрать метод расчета. Команда Setup (Устанивки) →Ab Initio… (Неэмпирика) служит длявыбора базисного набора для неэмпирического метода расчета молекулы.

От выбора базисного набора зависит точность и обоснованность расчета.

Расчет молекулы методом молекулярной механики

При расчетах методом молекулярной механики используется классический Ньютоновский (а не квантово-химический) метод расчетов молекулярных потенциалов для вычислений энергии одной точки, равновесной геометрии и молекулярной динамики объектов. В методе молекулярной механики атомы рассматриваются как ньютоновские частицы, которые взаимодействуют друг с другом посредством потенциальных полей, задаваемых эмпирически.

Проведение расчета одной точки молекулы

Расчет одной точки (единичный расчет) (т.е. расчет молекулярной системы только в той геометрической конфигурации, которая была задана в файле ввода) производится для различных целей. Например, при расчете и визуализации УФ, ИК спектров или МО ранее соптимизированной молекулы. Также рекомендуется применять единичный расчет для записи результатов расчета в *.log-файл.

Расчет одной точки производится командой Compute (Расчет) → SinglePoint (Одна точка).Перед расчетом необходимо командой Setup установитьтот метод (полуэмпирический или ab initio), которым ранее была рассчитана эта молекула.

6 Сохранение результатов расчета энергетических и орбитальных параметров соптимизированной молекулы. Работа с *.log-файлами.

Для записи результатов расчета или, по необходимости, промежуточных результатов, в Hyperchem предусмотрен специальный *.log-файл.

Запускать *.log-файл для записи информации, содержащей рассчитанные результаты, целесообразно делать после окончания расчета, поскольку запись в *.log-файл каждого шага вычислений будет сильно замедлять расчет и во много раз увеличит время выполнения задачи.

Для запуска *.log-файла следует выполнить следующие действия:

1. При помощи команды Save (Сохранить) или Saveаs (Сохранить как) сохранить полученную в результате расчета молекулярную геометрию.

2. Запустить *.log-файл командой File (Файл)→ Start Log (Началозаписи):

3. В строке Имя файла *.log-файлу следует присвоить то же имя, что и расчетному файлу. Так, например, если исходный файл имеет название еthanol.hin,то*.log-файлследует назвать ethanol.log.Следует отметить,что*.log-файл должен быть помещен в ту же папку, где находится файл еthanol.hin.

4. В окне Mechanical Print Level (Уровень записи механических результатов) поставить уровень 0. В окне Quantum Print Level (Уровень записи квантовохимических результатов) поставить номер необходимого уровня.

Для квантово-химических расчетов обычно достаточно, чтобы в окне Quantum Print Level (Уровень записи квантовохимических результатов)стоял нулевой уровень (0). На этом уровне сохраняются данные о типе расчета, количестве атомов и орбиталей в системе, значения энергетических параметров, например, полной энергии E_tot , теплоты образования ΔH_f в атомных единицах а.е. (a.u.) и ккал/моль (kkal/mol), собственные значения заселенностей атомных орбиталей (АО) электронами, собственные значения энергий молекулярных орбиталей (МО), ядерные заряды, координаты атомов и величины дипольных моментов.

Для более информативных расчетов используются более высокие уровни (1-9). Например, для уровня 1 кроме информации, которая сохраняется для уровня 0, записываются собственные значения орбиталей (энергии), их заселенность и собственные значения векторов (волновые функции). Для уровня 2 кроме информации, которая сохраняется для уровня 0, записывается полная матрица плотности.Для уровня 3 записывается всяинформация с 0 по 2 уровнь. Уровни с 4 по 9 сохраняют информацию о расчетах более сложных задач.

5. Провести единичный расчет командой Compute (Расчет) → SinglePoint (Одна точка).

6. После окончания каждого расчета, следует нажать File (Файл) → Stop Log (Остановка записи)и остановить запись в*.log-файл,иначерезультаты последующих вычислений других молекулярных систем будут также записаны в этот же *.log-файл.

7. Для того, чтобы прочитать результаты, записанные в *.log-файле, необходимо запустить проводник командой Мой компьютер → Проводник, найти при помощи проводника этот *.log-файл и открыть его с помощью программы Notepad (Блокнот):

Заключение

К несомненным достоинствам данной программы можно отнести обширный каталог молекулярных фрагментов, облегчающих задание исходной геометрии, а также возможность ее контроля по мере выполнения расчета (все изменения в ходе оптимизации незамедлительно отражаются на экране). Однако ряд недостатков не позволяет рекомендовать данную программу в качестве основного инструмента исследователя. А именно:

1. Неэффективное использование ресурсов компьютера, в том числе организация процедуры оптимизации геометрии, приводящая к значительным временным потерям.

2. Ограниченный выбор базисных наборов и методов учета электронной корреляции. 12 Title bar — показывает название файла. Menu bar — содержит названия различных меню HyperChem: File (Файл), Edit (Редактирование), Build (Построение объектов), Select (Выделение), Display (Отображение), Databases (Базы данных), Setup (Установки), Compute (Расчет), Script (Сценарий), Cancel (Отмена) и Help (Подсказка).

3. Учет симметрии возможен только при задании исходной геометрии в виде Z-матрицы, что значительно снижает ценность интерактивного построения молекулярной структуры.

Дата добавления: 2019-02-22; просмотров: 318; Мы поможем в написании вашей работы!

Поделиться с друзьями:

⇐ Предыдущая 1 23

Мы поможем в написании ваших работ!