Построение общей плотности заряда
Вы можете также показать контурную карту плотности общего заряда (электрон). Так CNDO и другие методы, доступные с HyperChem не включают электроны, находящиеся внутри (например, 1s электроны кислорода в воде), показанная плотность заряда - только плотность валентности заряда.
6.1. Откройте диалоговое окно Plot Molecular Properties.
6.2. Выберите общее количество плотности заряда Total Charge Density, выберете двумерные контуры, затем нажмите ОК левой кнопкой мыши, чтобы закрыть это диалоговое окно.
Протонирование воды
Создание иона H3O+:
1. Выберите Explicit Hydrogen (явный водород) в меню Build (Построить).
2. Выберите Allow Arbitrary Valence (допускаемая валентность) в меню Build (Построить).
3. Если Вы не выбираете Allow Arbitrary Valence (допускаемая валентность), то будет невозможно построить три связи от атома кислорода, поскольку принято, что кислород имеет в норме валентность два. Рисование и построение модели не обеспечивает формальный заряд молекулярной системы. Выбор допускаемых ионов позволяет Вам построить столько связей, сколько Вы хотите.
4. Выберите Labels (ярлыки) в меню Display (дисплей), чтобы вызвать диалоговое окно ярлыков.
5. Выберите Symbols (Символы) для ярлыка и закройте его, нажав ОК.
6. Выберите Default Element (Элемент по умолчанию) в меню Build (Построить), чтобы вызвать периодическую таблицу и затем двойной щелчок на О (Кислород), чтобы выбрать его элементом по умолчанию и закрыть периодическую систему.
|
|
|
Щелчок левой кнопкой мыши на панели Drawing (Панель рисования) – верхняя левая панель.
Теперь все готово для рисования молекул, где водороды явно нарисованы, правильнее, чем добавлены автоматически. H3O+ содержит больше водородов, чем построитель модели добавит автоматически.
Создание H3O+
Чтобы нарисовать H3O+:
Щелчок левой кнопкой мыши один раз в рабочей области, чтобы построить атом кислорода.
Построить три связи от атома кислорода, чтобы создать чертеж H3O, как показано ниже:
Преобразование в 3-D структуру:
Двойной щелчок на панели Selection (Выбор)
Вместо выбора Model Build (Построить модель) из меню Build (Построить) Вы можете вызвать построителя модели путем двойного щелчка на панели Selection (Выбор).
Чтобы добавить формальный положительный заряд для кванто-механических вычислений:
1. Выберите Аb Initio (Начальные) в меню Setup (установка)
2. Нажмите на кнопку Options (Опции)
3. Напечатайте 1 в Total charge (общего заряда) и затем щелчок левой кнопкой мыши на кнопку ОК, чтобы закрыть диалоговое окно Аb Initio Options (Начальные опции).
4. Щелчок левой кнопкой мыши на кнопку ОК закроет диалоговое окно Аb Initio Method (Начальный метод).
Это добавляет формальный заряд +1 молекуле для кванто-механических вычислений, по сути снижая количество электронов на один. Формальный заряд не распознается построителем модели или большинством аспектов молекулярной механики.
|
|
|
Выбор базисного набора
Базисный набор — набор функций, который используется для построения молекулярных орбиталей, которые представляются как линейная комбинация функций этого набора с определенными весами или коэффициентами. Обычно этими функциями являются атомные орбитали, центрированные на атомах, хотя иногда функции центрируют на связях, на половинах p-орбитали и т. п.
Чтобы выбрать базисный набор:
1. Выберите Аb Initio в меню Setup (установка)
2. Выберите Other (Другое) для Basic Set (базисный набор)
3. Нажмите кнопку Assign Other Basis Set (назначить другой базисный набор)
4. Выберите 4-31G из списка и нажмите ОК
Данная процедур добавляет набор 4-31G в список базисных наборов, которые могут быть быстро выбраны при помощи кнопки мыши. Перечень наборов, представленный в диалоговом окне Assign Other Basis Set, включает все основные базисные наборы, реализуемые в HyperChem. Другие базисные наборы могут быть добавлены в список путем создания нового текстового файла *.BAS и добавления его в именные файлы в CHEM.INI. Лучше использовать базисный набор 4-31G, однако, в данный момент мы выберем минимальный базисный набор.
|
|
|
5. Выберите Minimal (Минимальный) (STO-3G) для Basis set.
6. Выберите либо Apply Basis Set (Применить базисный набор) и затем ОК, либо только нажмите ОК, чтобы закрыть диалоговое окно Ab Initio Method.
Чтобы увидеть, что базисный набор установлен для каждого атома:
1. Выберите Labels (Ярлыки) в меню Display (Вывести на экран)
2. Выберите Basis Set (базисный набор) как ярлык атома и нажмите ОК.
Дата добавления: 2018-04-05; просмотров: 412; Мы поможем в написании вашей работы! |
Мы поможем в написании ваших работ!