Принцип модульной организации белковой молекулы.



Основные мотивы, формируемые элементами вторичной структуры белков. Мотив греческого ключа, b-a-b - мотив, цинковые пальцы, b-шпилька и т.д. Структурные модули белковой молекулы: Россман-фолд, бета-баррель, бета-пропеллер и др. Биологические функции структурных модулей. Домены, их формирование и значение.

 

Третичная структура белка.

Стабильность пространственной структуры белка. Формирование третичной структуры белка в процессе синтеза. Гидрофобное ядро. Форма, компактность и динамика молекулы белка. Роль дисульфидных связей в стабилизации третичной структуры некоторых белков и пептидов. Взаимосвязь элементов вторичной структуры в составе белковой глобулы. Консенсусные последовательности аминокислот в предсказании третичной структуры. Понятие структурной классификации белков.

 

Четвертичная структура белка. Белковые комплексы.

Стехиометрия и геометрия четвертичной структуры. Взаимодействия между субъединицами, стабилизирующие четвертичную структуру. Структурная организация контактов между субъединицами. Биологическое значение четвертичной структуры. Основные классы белков.

Организация белков в комплексы. Структурные, функционональные, регуляторные субъединицы. Белковые комплексы как молекулярные машины.

 

60. α-спиральные белки.

Взаимодействие между двумя a-спиралями. Суперспираль – способ упаковки составляющих спиралей. Гептады аминокислот. Лейциновые "молнии". Формирование олигомеризационного домена из четырех a-спиралей. Семейства альфа-спиральных белков: глобины, цитохромы, циклины, аннексины. Гистоны и строение нуклеосомы.

61. α/β-структурные белки.

Способы упаковки параллельных b-структур в белковом домене. a/b-баррели. Роль a/b-структур в формировании гидрофобного ядра, активных центров ферментов. Триозофосфатизомераза. Расположение a-спиралей в открытых изогнутых a/b-слоях. НАД-связывающий домен. Возможность предсказания места расположения активных центров ферментов в a/b-структурах. Пируваткиназа, аллостерическая регуляция фермента. "Подковообразный" фолд. Арабинозо-связывающий белок: структура сахаро-связывающего домена.

 

62. β-структурные белки.

Антипараллельные b-тяжи как основной структурный элемент b-белков. Типы образуемых доменов. Белки, связывающие гидрофобные лиганды. Ретинол-связывающий белок. Структура нейраминидазы и G-b белка. Мотив греческого ключа в структуре g-кристаллинов. Строение и биологические функции фибронектина. Иммуноглобулиновый и фибронектиновый фолды. Структура гемагглютинина и его структурные перестройки. Белки с b-спиральными доменами: бактериальные протеазы, пектатлиаза.

 

Транскрипционные факторы прокариот.

Узнавание ДНК белками в прокариотических системах. Роль структурного мотива "спираль-поворот-спираль" в узнавании белками нуклеотидной последовательности. Факторы, обуславливающие высокую специфичность узнавания ДНК белками. l-репрессор и Cro-белок. Аллостерический контроль связывания белков с ДНК. Репрессор триптофанового оперона, Lac-репрессор, репрессор метионинового оперона: участие b-тяжей в его взаимодействии с ДНК. САР-белок и его взаимодействие с ДНК.

 

Транскрипционные факторы эукариот.

Узнавание ДНК эукариотическими факторами транскрипции. Структура ТАТА-бокс-связывающего белка, его взаимодействие с ДНК. Белок р53 - его структура и взаимодействие с ДНК. Специфические факторы транскрипции эукариот. Транскрипционные факторы, содержащие мотив цинковых "пальцев" 1-го класса. Транскрипционные факторы с бинуклеарными цинковыми кластерами. Строение GAL4. Димеризация транскрипционных факторов с участием "лейциновых молний". Взаимодействие с ДНК и строение GCN4, MyoD, Max. Трансактивационные домены.

Полимеризующиеся и транспортные белки цитоскелета.

Структура актина, структура актинового филамента. Профилин и гельзолин. Структура тубулина. Разнообразие семейства тубулинов. Структура микротрубочки. Участок связывания таксола в тубулине. ГТФазная активность тубулина. Полярность и динамика микротрубочек. Белки, взаимодействующие с микротрубочками. Строение белков семейства миозинов. Структура АТФазного домена миозина. Механохимический цикл миозина, роль в нем актина. Строение белков семейства кинезинов. «Шагание» кинезинов по микротрубочке. Строение белков семейства динеинов.


Дата добавления: 2018-02-18; просмотров: 596; ЗАКАЗАТЬ РАБОТУ